В обычном приложении ваш собственный код (ваши java-файлы) смешивается с кодом других (файлы классов в библиотеках, среда выполнения и т. Д.).
Каждый раз, когда вы входите в файл класса, вы получаете это «Источник не найден» - Предупреждение. (как вы уже упоминали в своем вопросе)
Сначала вы можете попытаться получить исходные коды для библиотек и связать их с вашими библиотеками (например, в разделе «Настройка проекта => Настройки ... / Путь сборки Java / Библиотеки => развернуть jar-library => Исходное вложение ").
Если исходный код недоступен, вы должны использовать команды отладчика, чтобы избежать перехода в файлы этого класса. «Шаг за шагом / возврат» может помочь, но «Просмотр отладки» (который можно найти в верхнем левом углу в «Перспективе отладки») может быть даже более полезным.
В «представлении отладки» вы можете увидеть каждую ветку вашего приложения. Если вы в данный момент отлаживаете поток, вы можете увидеть текущую трассировку стека. Вместо того, чтобы постоянно нажимать F6 и F7, вы также можете перемещаться, щелкая там элемент трассировки стека.
Типп: я часто использую - (Правый клик -> "бегать к строке") - это очень полезно для работы с циклами и т. Д.