Вы не можете. Представьте, что InputStream читает файл с диска, и вы отправляете его в качестве параметра метода в EJB, выполняющийся на JVM на другом компьютере. Этот дескриптор не может быть значимым при десериализации на другом компьютере.
Вы должны думать о основной проблеме, а не о механике. Вам нужно прочитать InputStream в сериализуемый объект (скажем, массив byte []) и передать его.
Если InputStream читает что-то, что слишком велико для памяти, то вам нужно обернуть это в объект Serializable, передать его, и этот объект может создать InputStream на другом конце (при условии, что, конечно, он может - иначе вы должны создать свой собственный поток, а это совсем другой вопрос).