Просто установив на этом веб-сервере только .NET 4.0 и сделав .NET 4.0 настройкой по умолчанию для ваших пулов приложений на этом веб-сервере.
Я не думаю, что вы можете убедиться, что только WCF 4.0 "зарегистрирован", если у вас есть несколько версий .NET на этом сервере.