Я бы сам использовал phpseclib на том основании, что его намного проще использовать и развертывать, чем OpenSSL. OpenSSL будет быстрее, если вы можете заставить его работать, но это большое, если.
Одна проблема с OpenSSL заключается в том, что он принимает открытые ключи только в том случае, если они имеют форму сертификатов X.509. Он также не так широко развернут на серверах, как хотелось бы (имеется в виду, что код, который его использует, будет менее переносимым), и даже на тех серверах, на которых он развернут, могут возникать проблемы с неправильно настроенными файлами openssl.cnf.