Либо перенаправьте стандартный вывод и ошибку при запуске программы, чтобы вас это не беспокоило:
./myprog >myprog.out 2>&1
, либо, альтернативно, запустите другой терминал для выполнения вашей работы. Это оставляет вашу программусвободно выводить все, что угодно, на свой терминал, не беспокоя вас.
Сказав это, я бы все же записал информацию из программы в файл на случай, если вам придется вернуться ипосмотри на это.