Вы должны установить значение явно:
document.getElementById('special').value = special;
Примечание: Вы можете получить доступ к элементу только после того, как он был проанализирован в DOM.Чтобы быть уверенным, вы можете вставить эту часть скрипта после элемента в HTML.Часто код JavaScript добавляется непосредственно перед закрывающим тегом body или выполняется только при возникновении события load.Для получения дополнительной информации см. Где разместить JavaScript в файле HTML .
Обновление: Вот пример:
<body>
<input style="background:#FF7777;" readonly="readonly" type="text" value="special" id="special" />
<script type="text/javascript">
var health = 100;
var special = 10000 - health;
document.getElementById('special').value = special;
</script>
</body>
Ссылки: getElementById, DOM
Руководство по MDC для JavaScript также стоит прочитать.