Это не ошибка.CLEditor использует стандартный API-интерфейс браузера, который может давать разные результаты в разных браузерах, и вы не можете изменить поведение IE, но вы можете отключить генерацию "br" в Mozilla, используя execCommand
$("#input").cleditor()[0].doc.execCommand("insertBrOnReturn", false, false);
Но контент должен иметь хотя бы один абзац.Только в этом случае firefox сгенерирует «p».