Ваш браузер видит сертификат действительным, когда вы переходите к нему?
Нет никаких причин, по которым AIR должна жаловаться на сертификат вашего сайта. Похоже, стоит проверить настройки прокси-сервера JRE, согласно Adobe docs :
ADT при необходимости использует параметры прокси среды выполнения Java для подключения к интернет-ресурсам для проверки списков отзыва сертификатов и получения меток времени. Если при использовании ADT возникают проблемы с подключением к интернет-ресурсам, а для вашей сети требуются определенные настройки прокси-сервера, вам может потребоваться настроить параметры прокси-сервера JRE
Сказав это, я никогда не сталкивался с проблемами с настройками прокси-сервера JRE. Если AIR считает сертификат недействительным, его нельзя обойти (кроме как установить сертификат на компьютер).
Если это так, вы можете поговорить с Comodo или Adobe о проблеме.
Может ли кто-нибудь объяснить разницу, если таковая имеется, между сертификатом, используемым для подписи приложений AIR, и сертификатом, используемым для проверки подлинности SSL, и могу ли я повторно использовать то, что у меня есть?
Вам потребуется сгенерировать сертификат подписи кода, поскольку он включает в себя расширение Extended Key Usage , которое в основном описывает сертификат как «сертификат подписи кода».
Вы не сможете повторно использовать свой сертификат веб-сайта, но ваша подписка на Comodo может позволить вам создать сертификат подписи кода.