В определенное время ISAM предоставляет услуги, необходимые приложению, с меньшими затратами и накладными расходами, чем полноценная СУБД SQL. Недостатком механизма ISAM является то, что не обязательно системный каталог для описания данных; другая причина заключается в том, что обычно существует мало удобных инструментов для получения данных. Это оба места, где СУРБД обеспечивает значительное преимущество. Лучшие системы ISAM (или аналогичные) обеспечивают поддержку транзакций - даже транзакции XA, иногда.
Там, где вам необходимо выполнять сложные объединения и вычисления (например, агрегаты), работа, выполняемая СУБД, дает огромные преимущества. Если все, что вам нужно, это доступ к записям, тогда ISAM может быть полезным.
Безопасность, как правило, труднее обеспечить в системе на основе ISAM, чем в СУБД. Кроме того, вам нужно беспокоиться о целостности файлов в случае сбоя. Большинство СУБД используют двухпроцессную архитектуру (клиент СУБД в отдельном процессе от сервера СУБД), который обеспечивает отказоустойчивость в случае сбоя клиента (или выключения клиентского ПК). Вам также нужно беспокоиться о резервном копировании и восстановлении - в компетентной СУБД имеются системы для обеспечения согласованного резервного копирования базы данных во время ее использования; не ясно, что системы ISAM обеспечат такой уровень целостности.
В целом, при наличии подходящего механизма ISAM, было бы, по крайней мере, иногда, возможно, часто, преимущества использования механизма ISAM в системе ORM вместо полной СУБД.