Создайте модальный JDialog, как это.
public class MyDialog extends JDialog
{
private int width = 50;
private int height = 50;
public MyDialog(Frame parent, int x, int y)
{
super(parent, "MyTitle", true);
setBounds(x, y, width, height);
}
}
Модальность означает, что пользователь не сможет взаимодействовать с родителем, пока диалог не закроется. Вы можете найти нужное место и передать координаты x, y в конструкторе.