Чтобы создать каталог (например, на SD-карте), вы должны использовать другой способ:
File file = new File(Environment.getExternalStorage() + "/folder-name");
file.mkdirs();
Для записи во внешнее хранилище вы должны иметь следующее разрешение в манифесте:
<uses-permission android:name="android.permission.WRITE_EXTERNAL_STORAGE" />
Для выполнения системной команды обычно используется Runtime.getRuntime().exec("ls -l");