C:\Windows\Microsoft.NET\Framework\**v3.5**\Microsoft.Common.targets
Запомните номер версии, вы получаете неверную версию файла .targets. Для VS2010 это должно быть 4.0.30319. Не уверен, что вы сделали, чтобы запустить msbuild, но обязательно используйте приглашение командной строки VS2010. Это может быть не конец ваших проблем, не уверен, что сборка находится в C: \ Program Files \ Microsoft Visual Studio 10.0 \ Common7 \ IDE \ PublicAssemblies, каталог, довольно специфичный для VS.