Я не знаю о TFS, но всякий раз, когда я добавляю сторонние библиотеки для решения VS в систему контроля версий, я обычно делаю это в папке решения.
+-- MySolution
| // The solution is in source control
|
+-- MyProject1
| |
| +-- Project and source code files for a specific project
|
+-- MyProject1.Test
| |
| +-- Test files for MyProject1
|
+-- Third Party
| |
| +-- Library dll's are stored here.
|
|
+-- Solution files, more project folders, user settings (user settings are not in source control) etc…
Когда вы указываете сторонние библиотеки, они должны быть связаны относительным путем. Единственный способ убедиться в этом - открыть файл * proj и посмотреть теги зависимостей, если рассматриваемая библиотека связана с относительным путем, а не с абсолютным.
Чтобы добавить библиотеки в систему управления версиями, просто добавьте стороннюю папку. Так как я не использую TFS, я не уверен, будет ли он работать с этой настройкой (я использую Subversion или Mercurial в качестве контроля исходного кода, и они прекрасно работают).