При сравнении структуры обеих библиотек:
YUI:
YAHOO.util.Dom.setStyle(['test', 'test2'], 'opacity', 0.5);
var opacity = YAHOO.util.Dom.getStyle('test2', 'opacity');
и jQuery:
$("#test, #test2").css("opacity", 0.5);
var opacity = $("#test2").css("opacity");
Они выглядят очень похоже.
Таким образом, общий поток сценария должен быть примерно одинаковым для обеих библиотек.
Различия, которые я вижу, заключаются в простоте и длине. Лично я чувствую, что jQuery имеет больше смысла, но если вы не возражаете против нюансов каждого из них, я уверен, что они могут удовлетворить ваши потребности.