Для очень тривиального изменения вы можете открыть файл .config в исходном каталоге ядра с помощью текстового редактора и сделать это вручную.
Для изменения, когда параметры зависят друг от друга, лучше использовать один из предоставленных интерфейсов, например, 'make menuconfig'
Вы найдете много документации по этому онлайн, что делает вопрос немного удивительным