При написании кода JavaScript для браузера полезно указать JSLint, что вы находитесь в режиме браузера, например, включив следующее:
/*jslint browser: true */
Это должно разрешить 'document', 'setTimeout' и другие типичные настройки браузера по умолчанию
Поскольку jQuery, вероятно, не оценивается в том же контексте, что и ваш JavaScript, вам нужно сообщить, что всегда полезный '$' доступен с:
/*global $ */