Чтобы устранить эту проблему, я бы обернул ваш код
$(this).up().remove()
в функции:
function _debugRemoveInputLine(this) {
debugger;
$(this).up().remove();
}
Это позволит вам узнать, что возвращает $ (this). Если он действительно возвращает более одного объекта (несколько строк), то вы точно знаете, где искать - в коде, который создает элемент с использованием cloneNode. Делаете ли вы какие-либо изменения в результирующем элементе (т.е. меняете атрибут id)?
Если бы у меня была проблема, которую вы описываете, я бы подумал о добавлении уникальных идентификаторов к элементу запуска и элементу "line".