Установить атрибут Permanent = "yes" в родительском компоненте.
http://wix.sourceforge.net/manual-wix3/wix_xsd_component.htm
Permanent YesNoType
Если для этого атрибута установлено значение «да», программа установки не удаляет компонент во время удаления. Установщик регистрирует дополнительного системного клиента для компонента в настройках реестра установщика Windows (что в основном означает, что по крайней мере один продукт всегда ссылается на этот компонент). Обратите внимание, что этот параметр отличается от поведения не установки guid, потому что, хотя компонент является постоянным, он все еще может быть исправлен (потому что установщик Windows все еще отслеживает его), он просто не удаляется