NHibernate имеет превосходную поддержку для приложений с несколькими базами данных. Здесь - сообщение о том, что следует учитывать при этом.
Однако, если у вас «нехватка времени» и вы обновляете приложение совершенно другим подходом (с использованием хранимых процедур), изменение, безусловно, будет нетривиальным.