Использование ProcessBuilder из Java:
http://download.oracle.com/javase/7/docs/api/java/lang/ProcessBuilder.html
Вам необходимо убедиться, что ваш путь / среда настроены правильно, но это зависит от вашего компьютера и настроек.
Также обратите внимание, что многие «возможности» cygwin (например, less, awk, sed и т. Д.) Являются просто двоичными файлами (исполняемыми файлами), которые вы можете вызывать напрямую - нет необходимости в оболочке bash для облегчения доступа к ним.Посмотрите на фактические файлы в том месте, где находится ваша папка bin (обычно это c: / cygwin / bin), и попробуйте вызвать их непосредственно из ProcessBuilder.Если вам действительно нужно использовать оболочку (например, каналы, переменные, globbing и т. Д.), То это уже другая история - вам нужно интегрироваться с самим файлом bash.exe (проверьте страницу руководства для получения информации об использовании).