Нет никакой разницы: если вы поместите его в .vim/plugin
, вам не нужно будет искать его откуда-то еще.
Приложение
Как объясняет Рэнди Моррис в комментариях,с магией pathogen.vim
эквивалентный путь к плагину для вставки скрипта будет на самом деле .vim/bundle/autotag/plugin
.