В ответ на:
"Существуют настройки, уникальные для каждой машины для разработки, а также глобальные настройки для всех разработчиков проекта. Разобрать их было сложно."
Eclipse предлагает несколько способов обеспечения управляемости локальных настроек: переменные пути к классам Java (Java> путь сборки> переменные пути к классам) - это одно, а 'Связанные ресурсы' (Общие> Рабочее пространство> Связанные ресурсы) - другое http://help.eclipse.org/stable/index.jsp?topic=/org.eclipse.platform.doc.user/concepts/concepts-13.htm Создание README, в котором указано, какие настройки нужно установить перед сборкой / запуском проекта, на мой взгляд, работает очень хорошо.
Теперь, как убедиться, что ваша система непрерывной сборки понимает изменения, внесенные в настройки eclipse, это еще одна проблема ... (У меня есть отдельный build.xml для ant, который я постоянно обновляю вручную)