Это COM-объект?
Если это так, вы не можете получить к нему доступ непосредственно из Flex и вообще не сможете получить к нему доступ в приложении на основе браузера. Лучше всего будет взглянуть на AIR 2 и NativeProcess . Я полагаю, что вам все равно нужно будет написать какую-то форму моста на Java или .NEt, чтобы действовать в качестве прокси между библиотекой Skype и Flex.