Я не слишком знаком с разработкой для iPhone, но можете ли вы установить переменную LUA_PATH env перед выполнением вашего приложения?
Например, в Linux я мог бы написать скрипт, который исполняет ваш бинарный файл так:
export LUA_PATH="foo"
/path/to/executable
Windows имеет аналогичную функциональность с пакетными файлами.
Если вам действительно нужно изменить это в коде, я не знаю, как это сделать, если не использовать luaL_loadbuffer и lua_pcall для выполнениякоманда "package.path = blah".