Я не думаю, что что-либо с Flash связано с Apple как "хорошая практика" ...
Шучу в сторону, я бы пошел с JSON, он хорошо вписывается в ActionScript, поскольку ActionScript основан на ECMAscript. То, что JSON имеет меньше накладных расходов, чем XML, также может быть полезным для телефона (меньшая пропускная способность).
Работать с XML легко в ActionScript, поскольку он имеет E4X, но если на более позднем этапе вам нужно переключиться на Objective-C / Cocoa, я считаю, что JSON лучше, чем анализ XML.
Вероятно, вам следует избегать настройки веб-службы SOAP. По моему опыту, это может выглядеть как заманчивый вариант на стороне сервера .Net, но с ним сложно работать на стороне клиента, в таких скриптовых языках, как ActionScript (а SOAP имеет много накладных расходов).
Все это с оговоркой оговорено, что я не делал никаких разработок для iPhone с использованием Adobe Flash CS5 packager для iPhone.