Вы пытаетесь заставить проекты по развертыванию Visual Studio выполнять действия, для которых они не предназначены.Потребуются обширные знания таблиц MSI и тонны сценариев автоматизации сборки, чтобы манипулировать MSI после его сборки.То есть, если вам придется задать вопрос, вы не сможете это сделать.
Хватит тратить время на VDPROJ (Microsoft удалила его с тех пор, как ОНИ знают, сколько он отстой) и начните смотреть на WiX или InstallShield.