Просто нет.
До версии 2010 года более старые версии BizTalk Server не знали о новом CLR 4.0 GAC и, следовательно, не могли загружать сборки оттуда. BizTalk Server 2010 является первой версией, поддерживающей CLR 4.0. Для BizTalk Server 2006 R2 вам нужно будет скомпилировать сборку с использованием более старой версии .NET Framework, которая, к сожалению, в вашем сценарии звучит непросто. Вы оказались между молотом и наковальней. Обновите BizTalk Server или найдите способ понизить версию сборки .NET 4.0.
Microsoft удалось добиться высокой степени прямой совместимости каждый раз, когда они версии .NET Framework, но только в рамках определенных версий CLR. Таким образом, код .NET 1.1 был почти полностью совместим с .NET 1.0, а .NET 3.5 довольно совместим с кодом .NET 2.0 (основными проблемами, как правило, является отсутствие определенных языковых функций в старых версиях компиляторов). Тем не менее, каждый раз, когда CLR активируется, все ставки отключены, я боюсь. В конце концов, CLR - это среда выполнения. Вот почему Microsoft долго и усердно размышляет, прежде чем выпускать новую версию CLR. CLR 4.0 является первой крупной ревизией с 2005 года. Мы должны надеяться, что пройдет не менее десяти лет, прежде чем MS почувствует необходимость снова пересмотреть CLR.