Когда вносится изменение в файл web.config, обычно выгружается домен приложения, а не пул приложений, который перерабатывается (некоторая информация об этом здесь ).Site1, App1 и App2 должны быть определены как отдельные приложения, а не только виртуальные каталоги.Каждое приложение будет работать в своем собственном домене приложений, поэтому замена или изменение файла web.config не должны влиять на другие, если только это не дочернее приложение, которое наследует настройки от родительского web.config.В зависимости от изменения, внесение изменений в файл site.web.config может привести к выгрузке домена приложения для App1 и App2.
Если App1 и App2 используют один и тот же web.config (т.е. если оба документакорни указывают на одно и то же расположение файловой системы), затем внесение изменений в файл web.config приведет к выгрузке домена приложения для обоих приложений.