Похоже, что плагин TPTP Eclipse имеет эту функцию: http://www.eclipse.org/tptp/
Вы можете получить его приблизительно по разнице временных отметок:
public static void main(String[] args) throws IOException {
long start = System.currentTimeMillis();;
new MyApplication();
long end = System.currentTimeMillis();;
System.out.println((end - start) + " ms");
}
Это напечатает время выполнения в мс.