Это зависит от ситуации. Вполне разумно просто поместить скрипт в ваши файлы ascx. Это то, что я делаю с простыми сценариями, которые не имеют каких-либо динамических компонентов. Также подходит для функций проверки на стороне клиента, на которые ссылаются объекты CustomValidator.
Для сложных сценариев желательно разделить их на свои файлы .js и связать их или добавить динамически.