Я бы сказал, импортируйте его во временную базу данных и внесите изменения в оперативный режим - возможно, применив предварительно созданный скрипт, который выполняет необходимые операции:
DROP TABLE ....
DROP TABLE ....
DROP TABLE ....
ALTER TABLE ..... DROP column ....
Затем скопируйте готовый результат в рабочую базу данных..
Это также может быть очень хорошо автоматизировано.
Вероятно, это сработает быстрее и с меньшими проблемами, чем поиск инструмента, который редактирует дампы (или, как это часто бывает, попыткаиз пяти разных инструментов и обнаружение, что ни один не работает хорошо).