Вы не клонируете репозиторий в удаленное место, но из удаленное место в свою систему .
Если выхотите, чтобы ваш репозиторий был на FTP-сервере, загрузите его вручную с помощью FTP-клиента и отправьте свои будущие коммиты, указав его URL-адрес FTP.
Конечно, если у вас есть SSH-доступ к вашему серверу, вы также можете войтив нем и клон оттуда.