Если сборка является зрелой, вряд ли изменится, или я совершенно уверен, что мне не нужно в нее вмешиваться, я бы ссылался на DLL. Если вероятно, что изменения будут внесены в проект сборки, или, возможно, я захочу в него войти, я ссылаюсь на проект.