Попробуйте
strFCKeditor1 = strFCKeditor1.replace("\"", "\\\"");
Это способ "Java-string-escape-escape" сказать , заменить "
на \"
См. Демоверсию ideone.com здесь .
Из документации replace
:
Заменяет каждую подстроку этой строки, которая соответствует литеральной целевой последовательности указанной литеральной последовательностью замены.