JpGraph и GraPHPite - наиболее разработанные доступные пакеты с открытым исходным кодом. В частности, я рекомендую GraPHPite, он имеет несколько лучший API и создает более привлекательные графики.
Редактировать: Недавно я разработал небольшую библиотеку графиков для извлечения данных базы данных, обработки их с помощью PHP и создания из них интерактивных графиков в стиле Google Analytics (использует flot для рендеринга графиков на стороне клиента). По сути, это полное серверное / клиентское решение для преобразования таблиц вашей базы данных в графики.