Необходимая информация является собственностью вашей сборки exe.
Если вы используете инструмент, такой как ildasm.exe, для просмотра манифеста вашей сборки, вы можете увидеть свойство .subsystem, которое указывает тип среды выполнения, запускающей ваш метод Main.
Однако кажется, что Reflection не предоставляет эту информацию напрямую.
Код в следующей ссылке содержит пример того, как прочитать сам файл .exe и обнаружить эту информацию:
http://blogs.msdn.com/b/kstanton/archive/2004/03/31/105060.aspx
Надеюсь, это помогло.