Вы можете добавить модификатор «FOR UPDATE» в конец оператора select.т.е.
SELECT * FROM table WHERE pkey = N FOR UPDATE;
.. но я думаю, что вам следует быть осторожным при использовании InnoDB в качестве очереди и стремлении к производительности.Очереди ориентированы на стек и нуждаются в различных инструментах, которые InnoDB (и MySQL) пытаются решить.