Похоже на то, что вы пытаетесь заставить свой компилятор включать определенный путь включения при сборке.Самый простой способ сделать это - использовать переменную окружения CPPFLAGS, например,
% setenv CPPLAGS -I/usr/local/mysql/include/mysql/
% ./configure
% make
% etc...
Если вам действительно нужно добавить новую опцию для настройки, вам нужно узнать о autoconf и редактированииconfigure.in для создания нового скрипта configure.