Какой уровень прочности вам нужен? 20 000 обновлений каждые 5 секунд, вероятно, будут сложными для большинства устройств ввода-вывода с точки зрения количества транзакций, если вы записываете данные обратно на диск для каждой.
Если вы можете позволить себе потерять некоторые обновления, вы можете записывать их на диск каждые 100 мс без проблем с довольно дешевым оборудованием, если ваша база данных и ОС поддерживают это.
Если это действительно база данных в памяти, которую вы не хотите часто записывать на диск, это звучит довольно банально. Я слышал, что H2 довольно хорош, но SQLite тоже может работать. Правильно настроенный экземпляр MySQL также может это сделать (но может быть более запутанным)