Используйте windowClosed, потому что он вызывается, когда окно закрыто. windowClosing вызывается всякий раз, когда нажимается «X» в углу окна, даже если вы определили что-то вроде DO_NOTHING_ON_CLOSE в качестве действия закрытия.
Обычно нужно установить закрывающее действие по умолчанию на DO_NOTHING_ON_CLOSE, добавить WindowClosingListener в окно, и там появится что-то вроде "Вы действительно хотите выйти?" окно сообщения. Если да, то утилизируйте окно, если нет, то ничего не делайте.