Я думаю, что реальный ответ здесь - «не используйте document.write» :-) Посмотрите этот связанный пост SO, чтобы узнать, почему: Почему document.write считается «плохой практикой»?
Так что же следует сделать, если не document.write?Ну, в идеале JQuery (это все, кроме требования для написания JS в настоящее время ИМХО).С jQUery ваша проблема проста:
$(document.body).append(
"<object><embed type = 'application/x-java-applet;version=1.5' \ CODE = ...");
Если вы не хотите использовать jQuery (не очень подсознательное сообщение: используйте jQuery!), Вы также можете использовать любой innerHTML (как предложил Kiva)или document.createElement + document.body.appendChild для добавления элемента на страницу.
Я подозреваю, что если вы используете какой-либо из этих методов вместо document.write, вы увидите поведение, аналогичное простомуэлемент там в HTML на первом месте.