В последние несколько недель я создавал приложение на Python с PyQt и PyQwt, и у меня возникла та же проблема. Я обнаружил, что py2app совершенно невозможно использовать, я постоянно сталкивался с таким количеством проблем, что отказался. Через несколько дней нашел PyInstaller, который является фантастическим. Он понимает как PyQt, так и PyQwt из коробки - и делает очень хорошую работу, упаковывая все в пакет приложений. Хотя еще не пытался создать исполняемый файл Windows.
Я нашел хорошую статью в arstechnica о том, как использовать py2exe и py2app, хотя она немного устарела (вы, вероятно, можете пропустить материал python 2.5) http://arstechnica.com/open-source/guides/2009/03/how-to-deploying-pyqt-applications-on-windows-and-mac-os-x.ars/
Я очень рекомендую использовать PyInstaller. Есть несколько хитростей, которые необходимо выполнить для OS X, так как в настоящее время поддержка является только предварительной http://diotavelli.net/PyQtWiki/PyInstallerOnMacOSX