Это странный вопрос. Сначала мы находимся в мире .NET, где сборки компилируются - это сильно влияет на другие вещи.
В общем, да, вы можете делать то, что хотите, если начинаете программировать как PHP программисты. Откройте файл .svc и напишите весь свой сервис прямо в этот файл. Это также известно как встроенное кодирование. Вы сможете использовать типы из сборок, развернутых в папке GAC и папке Bin на вашем сайте. Простое копирование файла .svc в каталог веб-приложения сделает вашу службу доступной. Модификация тоже будет легкой. Вы должны использовать .NET 4.0, и вам не понадобится менять конфигурацию при "развертывании" новой службы.
Edit:
Основываясь на комментариях, я добавляю более подробное объяснение.
IIS и все, что зависит от IIS (WAS, AppFabric), всегда перезаписывают домен при добавлении новой сборки. Я думаю, что причина кроется в ядре .NET - AppDomain. Динамическая загрузка и выгрузка сборок требует нового домена.