Вы можете удалить встроенный в ScintillaNET обработчик CTRL + V с помощью:
scintilla.Commands.RemoveBinding(Keys.V, Keys.Control, ScintillaNet.BindableCommand.Paste);
И добавьте свой собственный обработчик CTRL + V (пункт меню?), Чтобы сделать:
ScintillaNet.Selection.Text = your_processed_clipboard_data;
Это вставит в текущую позицию курсора или заменит текущий выбор.