должно работать; убедитесь, что веб-просмотр не является непрозрачным.
[myWebView setBackgroundColor:[UIColor clearColor]];
[myWebView setOpaque:NO];
Вы также должны убедиться, что ваш HTML-контент не устанавливает цвет фона для тега body.
body{background-color:transparent;}