Вам нужно будет предоставить информацию о том, какую платформу GUI вы используете для подробного ответа на SO.
В Windows вы можете сделать что-то подобное с помощью ручки вашего окна.
import win32gui
import win32con
win32gui.SetWindowPos(hWnd, win32con.HWND_TOPMOST, 0,0,0,0,
win32con.SWP_NOMOVE | win32con.SWP_NOSIZE)
Также с Tkinter вы можете попробовать. Я еще не пробовал.
root = Tk()
root.wm_attributes("-topmost", 1)