Я сделал это 6 месяцев назад, у меня больше нет кода, но я знаю, что вы должны использовать метод initFromSkeleton () в вашем наборе атрибутов. Вы можете искать в коде Magento вызовы этой функции, вызовов очень мало (возможно, только один). Он покажет вам его использование.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Я помню, у меня была та же проблема, о которой вы говорите, и я отправил по почте об этом. Вот использование, которое мне посоветовали:
$attrSet = Mage::getModel('eav/entity_attribute_set');
$attrSet->setAttributeSetName('MyAttributeSet');
$attrSet->setEntityTypeId(4);//You can look into the db what '4' corresponds to, I think it is for products.
$attrSet->initFromSkeleton($attrSetId);
$attrSet->save();
Инициализация выполняется перед сохранением.