Это то, что нужно обрабатывать на уровне игрока.Многие флеш-плееры или фреймворки позволяют вам зарегистрироваться на событие.Одно событие может быть завершено на видео.Сначала получите это работает.Возможно, вы не сможете сделать это из JavaScript.Например, проигрыватель стробов Adobe требует от вас написания SWF-плагина, который будет загружен во флэш-плеер.Не тривиально.
После регистрации вы можете легко закрыть окно, выполнив некоторую функцию javascript.
Дайте мне знать, если у вас есть еще вопросы.