Из вашего описания я не уверен на 100%, что полностью понимаю ваш сценарий
Я предполагаю, что вы разбиваете файл через дизассемблер в приемном конвейере, и что ваша ссылка на «Использовать временный файл для записи» относится к настройке адаптера отправки файла и что этот порт отправки подписывается на сообщения от получения порт.
При таком сценарии каждое выходное сообщение (фрагмент исходного входящего сообщения) будет обрабатываться независимо и доставляться в кратчайшие возможные сроки, безусловно, после окна сообщения (на стороне отправки)
Если на дизассемблере установлен параметр RecoverableInterchangeProcessing, и для него установлено значение True, сообщения будут обрабатываться полностью независимо; если этот параметр имеет значение false, все они будут зафиксированы в окне сообщения вместе, но тогда BizTalk может забрать их в любом порядке.