Первое, что нужно посмотреть, это: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/bb332338.aspx
Проблема, которую вы описываете, звучит как настройки IdleTimeout или ShutdownTimeout и перезапуск домена.Скорее всего, у вас есть долгое время раскручивания кода, когда он снова начинает работать.Просто предположение, но оно охватывало бы симптомы.
Один из способов обмануть это в другой среде - настроить экземпляр и нажать его, а затем дать ему некоторое время бездействовать.Если это ничего не дает, получите дельту между средами.Если вы делаете больше в производственной среде, это может быть проблемой, когда происходит раскрутка.